Ses projets de recherche portent sur les efforts de contrôle et d’élimination du paludisme.

Depuis 1994, le travail du Dr Nguyen et son engagement ont d’abord porté sur les premiers programmes communautaires de traitement du VIH/Sida en Côte d’Ivoire, au Mali et au Burkina Faso, puis sur les logiques de triage dans l’accès aux thérapies antirétrovirales en Afrique.

Il a tracé l’émergence d’une forme inédite d’exercice du pouvoir politique : la souveraineté thérapeutique, fondée à la fois sur une logique de tri (pour déterminer les malades à soigner en situation de pénurie) et d’exception (l’urgence épidémiologique justifiant le contournement des souverainetés nationales et des droits qu’elles garantissaient).

Il a une vaste expérience dans le développement organisationnel des groupes atteints du VIH et la coordination des projets de recherche multicentrique. Il se consacre actuellement sur le contexte socio-historique de la prévention et du traitement du VIH en Afrique : les déterminants de l’observance au traitement; la résistance moléculaire aux antirétroviraux; l’impact des programmes de traitement sur la société, la culture, et l’économie politique; ainsi que l’épidémiologie clinique de l’infection au VIH.