Ses travaux et interventions portent principalement sur la santé, les enjeux de genre et de sexualité, la prévention et la perception du risque dans le domaine du VIH/sida. 

Les principaux intérêts de recherche épidémiologique du Dr Helen Trottier concernent le domaine des maladies infectieuses, plus spécialement la dynamique des maladies infectieuses communes de l’enfance, la vaccination et les maladies infectieuses liées au cancer comme le virus du papillome humain (HPV), le virus d’Epstein-Barr (EBV) et autres virus Herpes Humain (HHV). Elle s’intéresse particulière à la transmission périnatale d’agents infectieux et à la transmission infectieuse par l’entremise de produits sanguins. Dr Trottier est titulaire de nombreux fonds de recherche et de bourses salariales des IRSC et du FRQS.

Amélioration de l'accès aux services et de soins de santé dans les populations vulnérables.

Innover pour la santé maternelle et infantile en Afrique - Apprendre à mettre en œuvre des soins de santé primaires intégrés, centrés sur la communauté et axés sur la santé reproductive et infantile dans les contextes post-conflit.

Intervention intégrée visant à réduire le risque de diabète de type 2 chez les femmes défavorisées après le diabète gestationnel en Afrique du Sud

Intégration d'une approche des systèmes de santé à la prestation des services de santé maternelle : recherche transdisciplinaire au Rwanda et en Afrique du Sud.