Les intérêts de recherche de François Castonguay portent sur l'amélioration de la gestion sociétale des systèmes de santé, et plus généralement, de l'amélioration de la santé des populations de façon durable et équitable.

Je m’intéresse à l’évaluation des interventions implantées dans des conditions naturelles et qui visent à améliorer la santé maternelle et infantile. Mes projets sont centrés sur les efforts de contrôle et d'élimination du paludisme (malaria), ainsi que sur les politiques pour améliorer la couverture sanitaire universelle dans les pays à faible revenu.