Les intérêts de recherche de Marie-Pascale Pomey portent sur l'engagement des citoyens et des patients/usagers à tous les niveaux de gouvernance du système de santé ainsi que dans l'évaluation des technologies et des pratiques de pointe, la santé connectée et l'innovation et comment cet engagement peut contribuer à améliorer d’une part  la qualité et la sécurité des soins dans les organisations de santé et d'autre part l'expérience des citoyens, patients, usagers et proches. Elle travaille sur l’évaluation des programmes de qualité et sécurité dans les établissements de santé canadiens et sur l’impact de l'agrément sur ces établissements. Elle developpe aussi une expertise sur la manière d'engager la population dans le cadre de la pandémie de la COVID-19. Elle s’intéresse aussi aux comparaisons internationales des systèmes de santé.