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Marie-Pierre DUBÉ

Marie-Pierre Dubé

Vcard

Professeure titulaire

Faculté de médecine - Département de médecine

marie-pierre.dube@umontreal.ca

514 376-3330

Professeure titulaire

École de santé publique - Département de médecine sociale et préventive

marie-pierre.dube@umontreal.ca

Professeure accréditée

Faculté de médecine - Département de biochimie et médecine moléculaire

marie-pierre.dube@umontreal.ca

Professeure accréditée

Faculté de médecine - Département de pharmacologie et physiologie

marie-pierre.dube@umontreal.ca

Courriels

marie-pierre.dube@pgx.ca (Travail)

Marie-Pierre.Dube@statgen.org (Travail)

Travail 1 : 514 670-7670 #7701

Travail 2 : 514 376-3330 #2298

Télécopieur : 514 376-1355

Doctorat
2000 , Génétique , Université McGill (Canada)

Baccalauréat
1994 , Biologie et autres sciences connexes , Université McGill (Canada)

Postdoctorat
2001 , Épidémiologie et biostatistique , University of Toronto (Canada)

Établissement(s) affilié(s)

Institut de cardiologie de Montréal (ICM)

Biographie

Marie-Pierre Dubé est professeure titulaire à l’Université de Montréal et elle est directrice du Centre de pharmacogénomique Beaulieu-Saucier de l'Institut de Cardiologie de Montréal. Elle détient la Chaire de recherche du Canada en Médecine de précision et analyse de données et elle a reçu de nombreux prix dont trois bourses de carrières des Fonds de recherche du Québec en Santé et le prix des Champions en Génétique du Canadian Gene Cure Foundation. Elle enseigne l’épidémiologie génétique à l’École de santé publique de l’université de Montréal et a dirigé de nombreux étudiants aux études graduées dans les domaines de l’épidémiologie génétique, les statistiques génétiques et la bio-informatique. Ses travaux de recherche sont bien financés, notamment par les Instituts de recherche en santé du Canada et le Gouvernement du Québec. Elle a publié plus de 200 articles dans des journaux scientifiques à comité de lecture. Ses travaux portent principalement sur l’analyse génomique d’études portant sur les médicaments pour les maladies cardiovasculaires et métaboliques, et sur l’impact du sexe, du genre et de la génétique sur l’efficacité et la sécurité des médicaments.

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Affiliations

Recrutement recherche

Les étudiants souhaitant faire un projet de maîtrise, doctorat, ou études postdoctorales en épidémiologie génétique ou en bio-informatique, sont invités à postuler.
Voici quelques projets de recherche possibles: 

  • Étude de sous-populations de patients répondant mieux aux médicaments, selon des scores polygéniques.
  • Étude de la protection cardiovasculaire attribuable à des médicaments antidiabétiques, selon le profil génétique et la protéomique.
  • Études des mutations somatiques liées à l’hématopoïèse clonale dans la maladie cardiovasculaire.
  • Développement d'un outil bio-informatique pour intégrer des données protéomiques et génomiques et son application à l'étude de la santé cardiovasculaire.
  • Étude de l’impact des températures extrêmes sur la santé.
  • Étude de l’impact de l’usage d’alcool sur la santé.

Méthodes et données : Les étudiants pourront travailler avec des cohortes populationnelles (UK Biobank, Biobanque de l'ICM, Cartagène, ÉLCV, Quebec warfarin cohort) ainsi qu'avec des données tirées d'essais randomisés de médicaments pour les maladies cardiovasculaires et le diabète (plus de 100 études, incluant statines, anticoagulants, antidiabétiques, colchicine et plus). Les données disponibles incluent les données socio-démographiques, l'historique médical des patients, l'usage de médicament, les issues cliniques survenues en cours de suivi, des biomarqueurs circulants (incluant la protéomique), et des données génomiques (génotypage, séquençage, hématopoïèse clonale). Les méthodes incluent des modèles de régression (linéaire, logistique, survie), des modèles de séries temporelles, des algorithmes d'apprentissage automatique, et l'usage d'outils bio-informatiques existants.  

Profil d’étudiants/intérêts recherchés : Étudiants avec des connaissances en génétique, connaissance de logiciels statistiques (SPSS, R, ou SAS), habiletés avec les bases de données. Pour les étudiants en bio-informatique, connaissance de python, bash et linux. 

Financement : Aide à la préparation d’une demande de bourse aux IRSC, FRQS et autres organismes subventionnaires. Ces bourses sont attribuées en fonction de la qualité du dossier académique (notes, publications, prix) et du projet de recherche.

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Expertises

Titulaire de la chaire de recherche du Canada en analyse de données pour la médecine de précision, Marie-Pierre Dubé est professeure titulaire aux départements de Médecine et de Médecine sociale et préventive de l’Université de Montréal. Son équipe de recherche est située à l’Institut de Cardiologie de Montréal (statgen.org) et comprend des bio-informaticiens, des biostatisticiens, et des étudiants inscrits à des programmes d’études variés, dont l’épidémiologie, la bio-informatique, sciences biomédicales et pharmacologie.

Les projets de recherche portent sur les maladies cardiovasculaires et le diabète ainsi que la réponse aux médicaments pour les traiter. En utilisant des approches s’appuyant sur la bio-informatique et les statistiques, l’équipe mène des études épidémiologiques minant de larges jeux de données génomiques et protéomiques incluant la UK Biobank (500 000 participants), la biobanque de l’ICM (17 000 participants), et des études cliniques de médicaments (plus de 100 études, plus de 100 000 participants).

Encadrement Tout déplier Tout replier

La génétique humaine pour l'étude de cibles pharmacologiques Thèses et mémoires dirigés / 2021 - 2021
Diplômé(e) : Legault, Marc-André
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Impact des antibiotiques céfprozil et céfoxitine sur le microbiote Eggerthella lenta, lié au métabolisme du cardiotonique digoxine Thèses et mémoires dirigés / 2020 - 2020
Diplômé(e) : Auger, Jérémie
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
The risk of cancer in statin users : a clinical and genetic approach Thèses et mémoires dirigés / 2019 - 2019
Diplômé(e) : Sun, Maxine
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Apport du gène Transcription factor 7-like 2 (TCF7L2) au diabète induit par les statines Thèses et mémoires dirigés / 2018 - 2018
Diplômé(e) : Nguyen, Thuy Anne
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Genetic association study of plasma creatine kinase levels in the Montreal Heart Institute Hospital Cohort Thèses et mémoires dirigés / 2015 - 2015
Diplômé(e) : Zetler, Rosa Zea
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Étude pharmacogénomique de la warfarine et de l'activité physique Thèses et mémoires dirigés / 2015 - 2015
Diplômé(e) : Rouleau-Mailloux, Étienne
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Rôles des polymorphismes génétiques dans la détermination de la dose individuelle de la warfarine chez les patients traités avec de l’amiodarone Thèses et mémoires dirigés / 2015 - 2015
Diplômé(e) : Bahroun, Imen
Cycle : Maîtrise
Diplôme obtenu : M. Sc.
Étude sur le rôle des mutations de novo dans l’étiologie génétique de la schizophrénie Thèses et mémoires dirigés / 2014 - 2014
Diplômé(e) : Girard, Simon L.
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Approches bio-informatiques appliquées aux technologies émergentes en génomique Thèses et mémoires dirigés / 2014 - 2014
Diplômé(e) : Lemieux Perreault, Louis-Philippe
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.
Genomic architecture of sickle cell disease clinical variation in children from West Africa : a case-control study design Thèses et mémoires dirigés / 2014 - 2014
Diplômé(e) : Quinlan, Jacklyn
Cycle : Doctorat
Diplôme obtenu : Ph. D.

Projets de recherche Tout déplier Tout replier

Study of sex-specific biological factors underlying cognitive function and cardiovascular outcomes Projet de recherche au Canada / 2022 - 2028

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet

Precision medicine study of treatment options in type 2 diabetes patients without cardiovascular disease Projet de recherche au Canada / 2022 - 2028

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet

Precision medicine study of type 2 diabetes in the COLCOT-T2D trial Projet de recherche au Canada / 2022 - 2028

Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Subvention d'équipe

Precision medicine study of type 2 diabetes in the COLCOT-T2D trial Projet de recherche au Canada / 2022 - 2027

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Co-chercheurs : Jacques Le Lorier , Jean-Claude Tardif , Simon de Denus , Grégoire Leclair , Louis Bherer , Julie Hussin , Sarah Gagliano Taliun , André Carpentier , Sandra Black , Gary Lewis , Walter Swardfager
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Subventions de recherche en partenariat

COLCOT-T2D : Colchicine for Primary Prevention of Cardiovascular Events in Patients with Type 2 Diabetes Projet de recherche au Canada / 2020 - 2027

Chercheur principal : Jean-Claude Tardif
Co-chercheurs : Jacques Le Lorier , Marie-Pierre Dubé , Lambert Busque , Louis Bherer , Nadia Bouabdallaoui , André Carpentier , Sandra Black , Walter Swardfager
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet

Canada Research Chair in Precision Medicine Data Analysis Projet de recherche au Canada / 2020 - 2027

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : SPIIE/Secrétariat des programmes interorganismes à l’intention des établissements
Programmes de subvention : PVX50399-Chaires de recherche du Canada

Complex genetics of hypertrophic cardiomyopathy: Towards an integration of polygenic risk in clinical care Projet de recherche au Canada / 2020 - 2026

Chercheur principal : Rafik Tadros
Co-chercheurs : Mario Talajic , Jean-Claude Tardif , Marie-Pierre Dubé , Guillaume Lettre , Anne Fournier , François-Pierre Mongeon , François Bernard Tournoux , Julia Cadrin-Tourigny , Amon Adler , Laura Arbour , Andrew Crean , Andrew Grant , Jeff Healey , Andrew Krahn , Zachary Laksman , Jason Roberts , Colette Seifer , Christian Steinberg , Jacqueline Joza
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet

Study of the effect of sex on drugs dosing, concentrations and pharmacogenomics Projet de recherche au Canada / 2020 - 2026

Chercheur principal : Simon de Denus
Co-chercheurs : Jean-Claude Tardif , Marie-Pierre Dubé , Grégoire Leclair
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet

Comparing the effects of cognitive training and physical exercise on cognition, cerebral autoregulation and cerebral vasoreactivity in men and women with heart failure Projet de recherche au Canada / 2019 - 2025

Chercheur principal : Louis Bherer
Co-chercheurs : Sylvie Belleville , Éric Thorin , Marie-Pierre Dubé , Anil Nigam , Jean-Lucien Rouleau , Mathieu Gayda , François Bernard Tournoux , Daniel Gagnon , Frédéric Lesage , Jean-Paul Soucy , Patrice Brassard , Simon Duchesne , Judes Poirier , Teresa Liu-Ambrose
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet

Precision medicine in diabetes: Pharmacogenetic studies of large randomised controlled trials of diabetes therapies. (MRC PA: Ewan Pearson) Projet de recherche au Canada / 2020 - 2024

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Co-chercheurs : Jean-Claude Tardif , Simon de Denus
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Subvention d'équipe

Determining the etiologies of age-related clonal hematopoiesis (ARCH), a new biomarker of cancer and cardiovascular disease development: focus on the roles of inflammation and genetic predisposition. Projet de recherche au Canada / 2019 - 2024

Chercheur principal : Lambert Busque
Co-chercheurs : Jean-Claude Tardif , Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet

Mendelian randomization study of CETP and ADCY9 in cardiovascular disease Projet de recherche au Canada / 2019 - 2022

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Co-chercheurs : Jean-Claude Tardif , Marie-Pierre Sylvestre , Isabel Fortier
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet

Développement d'un modèle de prédiction pour optimiser l'usage des anticoagulants oraux (DOACs) en pratique clinique. Demande en évaluation à la Fondation des maladies du coeur et des accidents cérébr.. / Réseau québécois de recherche sur les médicaments Projet de recherche au Canada / 2017 - 2022

Chercheur principal : Robert Côté
Co-chercheurs : Sylvie Perreault , Jean-Claude Tardif , Marie-Pierre Dubé , Simon de Denus , Brian White-Guay
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Réseaux thématiques de recherche

Recherche en médecine de précision portant sur le diabète et les maladies cardiovasculaires Projet de recherche au Canada / 2019 - 2020

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : FCI/Fondation canadienne pour l'innovation
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds des leaders

Effectiveness and safety of Direct Oral AntiCoagulants (DOACs) among older adults with atrial fibrillation Projet de recherche au Canada / 2017 - 2020

Chercheur principal : Sylvie Perreault
Co-chercheurs : Jean-Claude Tardif , Marie-Pierre Dubé , Simon de Denus , Brian White-Guay , Robert Côté
Sources de financement : FMCC/Fondation des maladies du coeur du Canada
Programmes de subvention : PVXX7979-Subvention pour projet de recherche et de développement

Inherited chromosomally-integrated human herpesvirus 6 and cardiovascular diseases Projet de recherche au Canada / 2016 - 2020

Chercheur principal : Louis Flamand
Co-chercheurs : Jean-Claude Tardif , Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : FMCC/Fondation des maladies du coeur du Canada
Programmes de subvention :

Infléchir l'athérosclérose par la médecine de precision. Projet de recherche au Canada / 2018 - 2019

Chercheur principal : Christoph Borchers
Co-chercheurs : Christine Des Rosiers , Jean-Claude Tardif , Marie-Pierre Dubé , Thierry Alquier , Gaétan Mayer
Sources de financement : CQDM/Consortium québécois sur la découverte du médicament
Programmes de subvention :

Sex differences in the treatment of heart failure Projet de recherche au Canada / 2017 - 2019

Chercheur principal : Simon de Denus
Co-chercheurs : Fahima Nekka , Jean-Claude Tardif , Michel White , Marie-Pierre Dubé , Jean-Lucien Rouleau , Eileen O'Meara
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Subvention catalyseur

Suvention FICM 2015-2018 Projet de recherche au Canada / 2015 - 2019

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : Fondation de l'Institut de cardiologie de Montréal
Programmes de subvention :

PSYCHOLOGICAL BURDEN AND PATHOLOGICAL AGING IN INDIVIDUALS WITH AND WITHOUT CARDIOVASCULAR DISEASE Projet de recherche au Canada / 2010 - 2019

Chercheur principal : Bianca D'Antono
Co-chercheurs : Sylvie Perreault , Jean-Claude Tardif , Marie-Pierre Dubé , Lambert Busque
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)

Colchicine Cardiovascular Outcomes Trial Projet de recherche au Canada / 2017 - 2018

Chercheur principal : Jean-Claude Tardif
Co-chercheurs : Jean Lambert , Marie-Pierre Dubé , Philippe Lavoie-L'Allier , Eva Lonn
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet

Increased risk of cardiovascular disease in women with inherited chromosomally-integrated human herpesvirus 6 Projet de recherche au Canada / 2016 - 2018

Chercheur principal : Louis Flamand
Co-chercheurs : Jean-Claude Tardif , Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention :

Programme ARTERIA: Personnalisation des diagnostics et thérapies cardiovasculaires Projet de recherche au Canada / 2014 - 2018

Chercheur principal : Jean-Claude Tardif
Co-chercheurs : Marie-Pierre Dubé , François Harel
Sources de financement : Ministère des Finances et de l'Économie
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Fonds de partenariat pour un Quebec innovant et en santé

PHARMACOGENOMIC TESTING OF ATORVASTATIN EFFICACY AND TOXICITY IN SECONDARY PREVENTION OF CARDIOVASCULAR DISEASES Projet de recherche au Canada / 2013 - 2018

Chercheur principal : Jean-Claude Tardif
Co-chercheurs : Marie-Pierre Dubé , Benoît Arsenault
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)

INCREASING VITAMIN K INTAKE TO IMPROVE LONG-TERM ANTICOAGULATION STABILITY IN PATIENTS TREATED WITH WARFARIN Projet de recherche au Canada / 2013 - 2018

Chercheur principal : Guylaine Ferland
Co-chercheurs : Sylvie Perreault , Jean-Claude Tardif , Marie-Pierre Dubé , Simon de Denus , Anil Nigam
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)

Colchicine Cardiovascular Outcomes Trial Projet de recherche au Canada / 2016 - 2017

Chercheur principal : Jean-Claude Tardif
Co-chercheurs : Jean Lambert , Marie-Pierre Dubé , Philippe Lavoie-L'Allier
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-(PJT) Subvention Projet

Études pharmacogénomiques vers une thérapie personnalisée en cardiologie Projet de recherche au Canada / 2015 - 2017

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier : Senior

Increased risk of cardiovascular disease in women with inherited chromosomally-integrated human herpesvirus 6 Projet de recherche au Canada / 2015 - 2017

Chercheur principal : Louis Flamand
Co-chercheurs : Jean-Claude Tardif , Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention :

Personalized medicine strategies for molecular diagnostics and targeted therapeutics of cardiovascular diseases Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé

This project will deliver pharmacogenomic tests for more efficient management of patients with cardiovascular disease. By bringing our understanding of genes that influence cardiovascular drug efficacy and toxicity into the clinical setting, we can provide guidance to health professionals in the selection and dosing of a specific drug, resulting in improved health care.

The project will benefit the Canadian healthcare system substantially by:

  • Improving the treatment of patients while reducing harmful-side effects
  • Increasing patient confidence (and adherence) to medications (more likely to avoid or accurately identify side effects and derive benefits)
  • Reducing costs for the healthcare system (by reducing ineffective use of drugs in non-responsive patients and unnecessary spending by healthcare payers)
  • Increasing reimbursement, and thus market access, for new drugs due to more effective use of drugs based on pharmacogenomic tests

Of note, 80,000 Canadians died in 2010 from cardiovascular disease, which accounts for 35% of all deaths in the country. Currently, 1.3 million Canadians suffer from cardiovascular disease causing a serious economic burden of $22.2 billion/year, representing the highest healthcare costs in Canada.

GENOMIC STUDY OF BLEEDING RISK WITH WARFARIN Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Champions de la génétique/Champions of genetics: Building the next generation

PERSONALIZED MEDECINE STRATEGIES FOR MOLECULAR DIAGNOSTICS AND TARGETED THERAPEUTICS OF CARDIOVASCULAR DISEASES Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017

Chercheur principal : Jean-Claude Tardif
Co-chercheurs : Jacques Le Lorier , Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : Génome Québec
Programmes de subvention :

PERSONALIZED MEDECINE STRATEGIES FOR MOLECULAR DIAGNOSTICS AND TARGETED THERAPEUTICS OF CARDIOVASCULAR DISEASES Projet de recherche au Canada / 2013 - 2017

Chercheur principal : Jean-Claude Tardif
Co-chercheurs : Jacques Le Lorier , Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : Génome Canada
Programmes de subvention :

Integrative genomic and genetic analyses of consanguineous Pakistani pedigrees aggregated with psychotic/affective disorders Projet de recherche au Canada / 2011 - 2017

Chercheur principal : Lan Xiong , Guy Rouleau
Co-chercheurs : Marie-Pierre Dubé , Ridha Joober

Résumé

Pakistan has the highest rate of consanguineous marriage in the world due to historical, religious, cultural and social reasons. A long history of such intracommunity and/or consanguineous marriage has divided the Pakistani population into many rural isolated clans, segregated by geography, language, religion and tribal group, and creating genetic isolates with individual mutation profiles. Consanguineous pedigrees have been successfully used in mapping rare recessive Mendelian disorders in the past. However, the potential influence of such long standing endogamous and consanguineous unions on overall levels of homozygosity genomewide and genetic disease profiles, especially for more common diseases, for such particular genetic isolates remains largely underinvestigated. Schizophrenia (SCZ), schizoaffective (SAF) and bipolar (BP) disorders are common brain diseases in all populations with largely unknown etiology and molecular pathogenesis pathways. Genetic factors have been considered important contributing causes and have been the focus of intensive research efforts in the past decades. To date, the genetic architecture of these three main psychiatric disorders remain largely unknown and very few convincing genetic factors have been identified. We propose to launch a thorough genomewide genetic investigation of 10 collected and clinically well characterized large consanguineous pedigrees from Pakistan to identify causative genetic variants contributing to these major mental disorders. The study of such isolated consanguineous populations with major psychiatric disorders offers a unique opportunity to identify transmitted mutations contributing to SCZ etiology. Thorough genetic and genomic investigations in these pedigrees will also help us better understand the effect of long-term endogamous/consanguineous marriage on the genetic profile and structure of such populations, particularly for complex genetic traits like SCZ.

Canadian Research Information System

(Bourse Michel Cameron) Développement d'un panel pharmacogénomique et élaboration d'une base de données translationnelle Projet de recherche au Canada / 2015 - 2016

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : FRQNT/Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FQRNT)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Stage Accélération Québec FRQ-MITACS

Développement d'un panel pharmacogénomique et élaboration d'une base de données translationnelle Projet de recherche au Canada / 2015 - 2016

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : Innovation, Sciences et Développement économique Canada
Programmes de subvention :

Pharmacogenomic testing of atorvastatin efficacy and toxicity in secondary prevention of cardiovascular diseases Projet de recherche au Canada / 2013 - 2016

Résumé

In Canada, the number of individuals coping with heart disease is steadily increasing and now affects more than 1.3 million individuals. Cardiovascular disease (CVD) represents the most important health care spending in Canada and costs the Canadian economy $20.9 billion/year. Current standard of care requires patients with heart disease to be treated with lipid-lowering medications known as statins. Still, despite being treated with highly potent statins, the risk of cardiovascular events remained very elevated for these patients. We are at the forefront of CVD pharmacogenomic testing and are currently involved in several clinical trials and genetic consortia that aim at developing personalized medical tools to optimize management of CVD in Canada and around the world. Our objective is to take advantage of our increasing knowledge of the human genome along with the most recent technologies used for surveying it to identify genes that influence both the efficacy of these drugs and the risk of CVD in this population. On top of opening novel research opportunities on the newly discovered genes that influence CVD, this project will directly improve personal health by delivering molecular diagnostic tools able to identify patients that are likely to benefit the most from high-dose statin therapy. As a consequence, this approach will help determine whether or not a specific subgroup of patients do not drive any benefits from atorvastatin therapy and therefore expose themselves to avoidable potential side-effects in such a way that they are likely to derive more risk than benefits from atorvastatin therapy. The identification of these non-responsive patients could help avoid a considerable amount of useless prescriptions and provide substantial savings for healthcare systems across Canada and around the world.

NOVEL APPROACHES TO THE PREDICTION, DIAGNOSIS AND TREATMENT OF CARDIAC LATE EFFECTS IN SURVIVORS OF CHILDHOOD CANCER Projet de recherche au Canada / 2011 - 2016

Chercheur principal : Paul Craig Nathan
Co-chercheurs : Marie-Pierre Dubé , Michael Sean Phillips
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention :

(RESEAUTETE) - THE INTEGRATED RESEARCH NETWORK ON PERINATOLOGY Projet de recherche au Canada / 2008 - 2016

Chercheur principal : William Fraser
Co-chercheurs : Maryse Lassonde , Franco Lepore , Sylvain Chemtob , Anick Bérard , Richard Ernest Tremblay , Jacques Lacroix , Mira Johri , Jacques Michaud , Jean Séguin , Jean-Claude Tardif , François Audibert , Guy Rouleau , Bryn Williams-Jones , Béatrice Godard , Marie-Pierre Dubé , Gregor Andelfinger , Nils Chaillet , Zoha Kibar , Zhong-Cheng Luo , Anne Monique Nuyt , Helen Trottier , Mark E. Samuels , Isaac-Jacques Kadoch , François Bissonnette , Marie-Josée Bédard , Luc Laurier Oligny , Emmanuelle Lemyre , Marie Hatem , Patricia Monnier , Michal Abrahamowicz , Haim Arie Abenhaim , Patricia Monnier , Tye Arbuckle , Jacquetta M Trasler , Jean-Marie Moutquin , Margaret Somerville , Togas Tulandi , Seang Lin Tan , Ri-Cheng Chian , Catherine Limperopoulos , Richard Brown , Andrew Grant , Jean-Charles Pasquier , Rhian Touyz , Mark Walker , Rosana Weksberg , Shi Wu , Elisabeth Winsor , Lise Dubois , Germaine Buck Louis , Regen Drouin , Patricke Eydoux , Warren Foster , Sonya Kashyap , Elena Kolomietz , Isabelle Marc-Series , Pierre Julien , Bruno Piedboeuf , Yves Tremblay , Gina Muckle , Éric Dewailly , Pierre Ayotte , Normand Brassard , Daria Pereg
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention :

SUBVENTION FICM 2013-2014 Projet de recherche au Canada / 2013 - 2015

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : Fondation de l'Institut de cardiologie de Montréal
Programmes de subvention :

EMERGING TEAM IN DEVELOPMENT OF STRATEGIES FOR UPTAKE AND ANALYSIS OF NANOSEQUENCING-DERIVED DATA SETS AND LINKING TO DISEASE Projet de recherche au Canada / 2009 - 2014

Chercheur principal : Michel Bouvier
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention :

PHARMACOGENETIC STUDY OF WARFARIN Projet de recherche au Canada / 2009 - 2014

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention : PVXX5647-(MOP) Subvention de fonctionnement incluant les subventions de fonctionnement programmatiques (général)

Pharmacogenetic Study of Warfarin: Identification of patients on blood-thinner therapy who are at risk of serious adverse events Projet de recherche au Canada / 2009 - 2013

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Co-chercheurs : Sylvie Perreault

Résumé

Warfarin is the most widely prescribed blood thinner medication for the treatment and prevention of blood clots. Its use, however, is greatly complicated by the drug's narrow therapeutic dose range and by the extensive variation in safe doses among different individuals to avoid exposing patients to clots formation or to bleeding events. Recent studies showed that two genes, together with environmental factors, can explain some of the variability between patients. New blood thinner medications are being developed that could eventually provide an alternative to warfarin treatment. In order to identify patients who are most likely to be exposed to serious bleeding or clot formation we propose to evaluate the genetic and clinical determinants of adverse responses to warfarin treatment. These include: (i) severe and potentially fatal bleeding, the most serious adverse response; (ii) major complications related to clot formation; and (iii) fluctuations in the International Normalised Ratio (INR), a parameter used to monitor warfarin treatment in order to establish the safe therapeutic dosage for each patient.

This study will recruit 2,500 patients initiating warfarin therapy over a 2-year period. Patients will be selected from the warfarin clinics of 4 greater-Montreal area. They will be followed-up for 1 year as part of this research project. The prediction of adverse events in warfarin therapy is expected to allow a better management of treatment with blood thinner medications. This effort offers great potential for the improvement of personal and public health.

EMERGING TEAM IN DEVELOPMENT OF STRATEGIES FOR UPTAKE AND ANALYSIS OF NANOSEQUENCING-DERIVED DATA SETS AND LINKING TO DISEASE Projet de recherche au Canada / 2008 - 2013

Chercheur principal : Guy Rouleau
Co-chercheurs : Michel Bouvier , Jacques Michaud , Marie-Pierre Dubé , Pierre Drapeau , Philip Awadalla , Mark E. Samuels , Sylvain Chouinard , Paul Lespérance , Bartha Maria Knoppers
Sources de financement : IRSC/Instituts de recherche en santé du Canada
Programmes de subvention :

GENETIQUE EPIDEMIOLOGIQUE ET STATISTIQUE Projet de recherche au Canada / 2005 - 2013

Chercheur principal : Marie-Pierre Dubé
Sources de financement : FRQS/Fonds de recherche du Québec - Santé (FRSQ)
Programmes de subvention : PVXXXXXX-Bourse de chercheur-boursier clinicien: junior I et II et senior (offre seulement)

Publications Tout déplier Tout replier

Articles choisis 

(étudiants; employés§)

  1. Sun M, Cyr M-C§, Sandoval J§, Lemieux-Perreault L-P§, Busque L, Tardif J-C, Dubé MP. Somatic mosaic chromosomal alterations and death of cardiovascular disease causes among cancer survivors: an analysis of the UK Biobank. medRxiv. 2022:2022.08.20.22279019, pending publication
  2. Pharmacogenetics-guided dalcetrapib therapy after an acute coronary syndrome: the dal-GenE trial. Tardif JC, Pfeffer MA, Kouz S, Koenig W, Maggioni AP, McMurray JJV, Mooser V, Waters DD, Grégoire JC, L'Allier PL, Jukema WJ, White HD, Heinonen T, Black DM, Laghrissi-Thode F, Levesque S, Guertin MC, Dubé MP; dal-GenE Investigators. Eur Heart J. 2022 Jul 20:ehac374. PMID: 35856777
  3. Including diverse and admixed populations in genetic epidemiology research. Caliebe A, Tekola-Ayele F, Darst BF, Wang X, Song YE, Gui J, Sebro RA, Balding DJ, Saad M, Dubé MP; IGES ELSI Committee. Genet Epidemiol. 2022 Jul 16. PMID: 35842778
  4. Pharmacogenomic study of heart failure and candesartan response from the CHARM programme. Dubé MP, Chazara O, Lemaçon A, Asselin G§, Provost S§, Barhdadi A§, Lemieux Perreault LP§, Mongrain I§, Wang Q, Carss K, Paul DS, Cunningham JW, Rouleau J, Solomon SD, McMurray JJV, Yusuf S, Granger CB, Haefliger C, de Denus S, Tardif JC. ESC Heart Fail. 2022 Jun 23. doi: 10.1002/ehf2.14026. PMID: 35736394
  5. ExPheWas: a platform for cis-Mendelian randomization and gene-based association scans. Legault MA, Lemieux Perreault LP§, Tardif JC, Dubé MP. Nucleic Acids Res. 2022 Apr
  6. Construction of a femininity score in the UK Biobank and its association with angina diagnosis prior to myocardial infarction. Levinsson A, de Denus S, Sandoval J§, Lemieux Perreault LP§, Rouleau J, Tardif JC, Hussin J, Dubé MP. Sci Rep. 2022 Feb 2;12(1):1780. PMID: 35110607
  7. Genetics of symptom remission in outpatients with COVID-19. Dubé MP, Lemacon A, Barhdadi A§, Lemieux Perreault L-P§, Oussaid E§, Asselin G§, Provost S§, Sun M, Sandoval J§, Legault MA, Mongrain I§, Dubois A§, Valois D§, Dedelis E§, Lousky J§, Choi J§, Goulet E, Savard C, Chicoine L-M, Cossette M, Chabot-Blanchet M, Guertin M-C, de Denus S, Bouabdallaoui N, Marchand R, Bassevitch Z, Nozza A, Gaudet D, Allier PL, Hussin J, Boivin G, Busseuil D, Tardif J-C. Sci Rep. 2021 May 25;11(1):10847. PMID: 34035401
  8. Pharmacogenomics of the Efficacy and Safety of Colchicine in COLCOT. Dubé MP, Legault MA, Lemaçon A, Lemieux Perreault LP§, Fouodjio R§, Waters DD, Kouz S, Pinto FJ, Maggioni AP, Diaz R, Berry C, Koenig W, Lopez-Sendon J, Gamra H, Kiwan GS, Asselin G§, Provost S§, Barhdadi A§, Sun M, Cossette M, Blondeau L, Mongrain I§, Dubois A§, Rhainds D, Bouabdallaoui N, Samuel M, de Denus S, L'Allier PL, Guertin MC, Roubille F, Tardif JC. Circ Genom Precis Med. 2021 Apr;14(2):e003183. PMID: 33560138
  9. A genetic model of ivabradine recapitulates results from randomized clinical trials. Legault MA, Sandoval J§, Provost S§, Barhdadi A§, Lemieux Perreault LP§, Shah S, Lumbers RT, de Denus S, Tyl B, Tardif JC, Dubé MP. PLoS One. 2020 Jul 21;15(7):e0236193. PMID: 32692755
  10. High-sensitivity C-reactive protein is associated with clonal hematopoiesis of indeterminate potential. Busque L*, Sun M, Buscarlet M, Ayachi S, Feroz Zada Y§, Provost S§, Bourgoin V, Mollica L, Meisel M, Hinterleitner R, Jabri B, Dubé MP*, Tardif JC*. Blood Adv. 2020 Jun 9;4(11):2430-2438. PMID: 32492156 (* corresponding authors)
  11. Association of Chromosome 9p21 with Subsequent Coronary Heart Disease Events: A GENIUS-CHD Study of Individual Participant Data. Patel RS, et al. Circ Genom Precis Med. 2019 Apr;12(4):e002471. PMID: 30897348
  12. Subsequent Event Risk in Individuals with Established Coronary Heart Disease: Design and Rationale of the GENIUS-CHD Consortium. Patel R, et al. Circ Genom Precis Med. 2019 Apr;12(4):e002470. PMID: 30896328
  13. Nuclear receptor gene polymorphisms and warfarin dose requirements in the Quebec Warfarin Cohort. Shahabi P, Lamothe F§, Dumas S, Rouleau-Mailloux É, Feroz Zada Y§, Provost S§, Asselin G§, Mongrain I§, Valois D§, Gaulin Marion MJ§, Lemieux Perreault LP§, Perreault S, Dubé MP. Pharmacogenomics J. 2019 Apr;19(2):147-156. PMID: 29298995
  14. Pharmacogenetic content of commercial genome-wide genotyping arrays. Lemieux Perreault LP§, Zaïd N, Cameron M, Mongrain I§, Dubé MP. Pharmacogenomics. 2018 Oct;19(15):1159-1167. Epub 2018 Oct 1. PMID: 30272537
  15. Sex, drugs, and heart failure: a sex-sensitive review of the evidence base behind current heart failure clinical guidelines. Levinsson A, Dubé MP*, Tardif JC, de Denus S. ESC Heart Fail. 2018 Oct;5(5):745-754. PMID: 29916560 (*corresponding author)
  16. Pharmacogenomics of blood lipid regulation. Legault MA, Tardif JC, Dubé MP. Pharmacogenomics. 2018 May;19(7):651-665. PMID: 29706123
  17. Rationale, design and preliminary results of the Quebec Warfarin Cohort Study. Perreault S, Shahabi P, Côté R, Dumas S, Rouleau-Mailloux É, Feroz Zada Y§, Provost S§, Mongrain I§, Dorais M, Huynh T, Kouz S, Diaz A, Blostein M, de Denus S, Turgeon J, Ginsberg J, Lelorier J, Lalonde L, Busque L, Kassis J, Talajic M, Tardif JC, Dubé MP. Clin Cardiol. 2018 May;41(5):576-585 PMID: 29542828
  18. Protein-altering variants associated with body mass index implicate pathways that control energy intake and expenditure in obesity. Turcot V, et al. Nat Genet. 2018 Jan;50(1):26-41. PMID: 29273807
  19. Exome-wide association study of plasma lipids in >300,000 individuals. Liu DJ, et al. Nat Genet. 2017 Dec;49(12):1758-1766, PMID: 29083408
  20. CYP3A4 genotype is associated with sildenafil concentrations in patients with heart failure with preserved ejection fraction. de Denus S, Rouleau JL, Mann DL, Huggins GS, Pereira NL, Shah SH, Cappola TP, Fouodjio R§, Mongrain I§, Dubé MP. Pharmacogenomics J. 2018 Apr;18(2) :232-237. PMID: 28440343
  21. CETP: Pharmacogenomics-Based Response to the CETP Inhibitor Dalcetrapib. Tardif JC, Rhainds D, Rhéaume E, Dubé MP. Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2017 Mar;37(3):396-400. PMID: 28126828
  22. genipe: An automated genome-wide imputation pipeline with automatic reporting and statistical tools. Lemieux Perreault LP§, Legault MA, Asselin G§, Dubé MP. Bioinformatics. 2016, 32(23): 3661-3663 PMID: 27497439
  23. Meta-analysis of genome-wide association studies of HDL cholesterol response to statins. Postmus I, et al. J Med Genet. 2016 Dec;53(12):835-845. PMID: 27587472
  24. Genotype-Dependent Effects of Dalcetrapib on Cholesterol Efflux and Inflammation: Concordance with Clinical Outcomes. Tardif JC, Rhainds D, Brodeur M, Feroz Zada Y§, Fouodjio R§, Provost S§, Boulé M, Alem S, Grégoire JC, L'Allier PL, Ibrahim R, Guertin MC, Mongrain I§, Olsson AG, Schwartz GG, Rhéaume É, Dubé MP. Circ Cardiovasc Genet. 2016 Aug;9(4):340-8. PMID: 27418594
  25. Coding variation in ANGPTL4, LPL, and SVEP1 and the risk of coronary disease. Myocardial Infarction Genetics CARDIoGRAM Exome Consortia Investigators. New England Journal of Medicine, March 24; 374(12):1134-44, 2016. PMID: 26934567
  26. Impact of regular physical activity on weekly warfarin dose requirement. Rouleau-Mailloux É, Shahabi P, Dumas S, Feroz Zada Y§, Provost S§, Hu J, Nguyen J, Bouchama N, Mongrain I§, Talajic M, Tardif JC, Perreault S, Dubé MP. J Thromb Thrombolysis. 2016 Feb;41(2):328-35, PMID: 26238769
  27. Pharmacogenomic Determinants of the Cardiovascular Effects of Dalcetrapib. Tardif JC, Rhéaume E, Lemieux Perreault LP, Grégoire JC, Feroz Zada Y§, Asselin G§, Provost S§, Barhdadi A§, Rhainds D, L’Allier PL, Ibrahim R, Upmanyu R, Niesor EJ, Benghozi R, Suchankova G, Laghrissi-Thode F, Guertin MC, Olsson AG, Mongrain I§, Schwartz GG, Dubé MP. Circ Cardiovasc Genet, 2015 Apr;8(2):372-82; PMID: 25583994
  28. Pharmacogenetic meta-analysis of genome-wide association studies of LDL cholesterol response to statins. Postmus I, et al. Nat Commun 2014 Oct 28;5:5068. PMID: 25350695
  29. CKM and LILRB5 are associated with serum levels of creatine kinase in statin users. Dubé MP, Zetler R, Barhdadi A§, Brown A, Mongrain I§, Normand V§, Laplante N, Asselin G§, Feroz Zada Y§, Provost S§, deDenus S, Turgeon J, Réhaume E, Phillips MS, Tardif JC. Circ Cardiovasc Genet. 2014 Dec;7(6):880-6. PMID: 25214527
  30. Comparison of genotype clustering tools with rare variants. Lemieux Perreault LP, Legault MA, Barhdadi A§, Provost S§, Normand V§, Tardif JC, Dubé MP. BMC Bioinformatics. 2014 Feb 21;15(1):52. PMID: 24559245
  31. Validation of warfarin pharmacogenetic algorithms in clinical practice. Marin-Leblanc M, Perreault S, Bahroun I, Lapointe M, Mongrain I§, Provost S§, Turgeon J, Talajic M, Brugada R, Phillips M, Tardif JC, Dubé MP. Pharmacogenomics. 2012 Jan;13(1):21-9. PMID: 22176621
  32. Partitioning of copy-number genotypes in pedigrees. Lemieux Perreault LP, Andelfinger G, Asselin G§, Dubé MP. BMC Bioinformatics 2010, 11:226. PMID: 20438641
  33. Testing for Gene-Gene Interaction with AMMI Models. Barhdadi A, Dubé MP. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology 2010, Vol. 9:Iss. 1, Article 2. PMID: 20196752
  34. Application of Homozygosity Haplotype Analysis to Genetic Mapping with High-Density SNP Genotype Data. Jiang H, Orr A, Guernsey DL, Robitaille J, Asselin G§, Samuels ME, Dubé MP. PLoS ONE 2009; 4(4):e5280. Apr 28. PMID: 19399176
  35. Genetic predictors of depressive symptoms in cardiac patients. McCaffery JM, Duan QL, Frasure-Smith N, Barhdadi A, Lespérance F, Théroux P, Rouleau GA, Dubé MP. Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet. 2009 Apr 5; 150B(3):381-8. PMID: 18618671

Prix et distinctions

  • 2020 - 2027 : Chaire de recherche du Canada (CRC) en Médecine de précision et analyse de données
    2015 - 2018 Chercheur Boursier Senior, FRQS
    2012 : Prix Champions de Génétique, Canadian Gene Cure Foundation
    2009 - 2013 : Chercheur boursier junior 2, FRQS
    2009 : Prix pour la qualité de l'enseignement, Merck Frost Schering Plough
    2008 : Bourse d'Excellence Martial Bourassa
    2005 - 2009 : Chercheur boursier junior 1, FRQS
    2004 : Bourse salariale, département de médecine de l’Université de Montréal

Informations supplémentaires

Médias

Génomique et essais cliniques randomisés pour une médecine de précision

Présentation scientifique

Fatalisme génétique : vrai ou faux?

Présentation grand-public

La génétique et les médicaments | Marie-Pierre Dubé | TEDxPôleMaisonneuve

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