Depuis 1994, le travail du Dr Nguyen et son engagement ont d’abord porté sur les premiers programmes communautaires de traitement du VIH/Sida en Côte d’Ivoire, au Mali et au Burkina Faso, puis sur les logiques de triage dans l’accès aux thérapies antirétrovirales en Afrique.

Il a tracé l’émergence d’une forme inédite d’exercice du pouvoir politique : la souveraineté thérapeutique, fondée à la fois sur une logique de tri (pour déterminer les malades à soigner en situation de pénurie) et d’exception (l’urgence épidémiologique justifiant le contournement des souverainetés nationales et des droits qu’elles garantissaient).

Il a une vaste expérience dans le développement organisationnel des groupes atteints du VIH et la coordination des projets de recherche multicentrique. Il se consacre actuellement sur le contexte socio-historique de la prévention et du traitement du VIH en Afrique : les déterminants de l’observance au traitement; la résistance moléculaire aux antirétroviraux; l’impact des programmes de traitement sur la société, la culture, et l’économie politique; ainsi que l’épidémiologie clinique de l’infection au VIH.